Действительно, органы военной контразведки с образования НКВД (1934 г.) входили в его структуру. В феврале 1941, во время преобразования НКВД, и выделения НКГБ, военная контразведка была выведена из подчинения НКВД и стала называться - 3-е Управление НКО (на флоте - соответствующее управление НКВМФ).
17.7.41 3-е Управление НКО вернулось в подчинение НКВД.
В январе 42-го 3-е Управление НКМФ тоже было переподчинено НКВД.
Сложилось целостное управление, которое стало называться - Управление Особых Отделов НКВД.
19.4.43 Управление Особых Отделов НКВД было преобразовано в Главное Управление Контрразведки "СМЕРШ" НКО СССР. Таким образом оно было выведено из НКВД в НКО.
В таком состоянии ГУКР просуществовало до конца войны.
Сергей, спасибо за комментарии. А то во всех этих преобразованиях и переименованиях разобраться сложновато, уж больно много их было за довольно короткий промежуток времени.