Военного варианта Ту-144 в железе не было. Разрабатывался "самолет сопровождения морской авиации" - Ту-144 с мощным локатором и сверхдальнобойными ракетами и самолет РЭБ для сопровождения порядков Ту-22М авиации ВМФ.
Кроме того в начале 80-ых годов ВВС интересовались модернизацтей пяти штук Ту-144 под сверхзвуковой ВТС но потом одумались - ничего серьезного в него не в лезет а личный состав возить на сверхзвуке слишком дорого да и некуда.